Seperti apa si Cerita Ragnarok Online II, apakah kelanjutan dari Ragnarok sebelumnya atau memiliki jalan cerita tersendiri ?? mari kita simak bersama - sama ceritanya.
Freyja dulunya adalah seorang dewi cantik yang baik hati dan mencintai segala kehidupan di alam ini.
Tapi kemudian dia berubah menjadi seorang dewi kehancuran karena ingin membalas dendam atas pengkhianatan dari suaminya sendiri, yaitu Odin. Pada akhirnya dia diusir dari Asgard, yang merupakan dunia tempat tinggal para dewa. Dan sekarang dia bermaksud untuk menghancurkan semua ciptaan Odin, termasuk Midgard.
Diantara para pahlawan yang muncul, ada seorang pemuda bernama Chaos yang merupakan reinkarnasi dari Baldur. Chaos mengumpulkan pasukan dari para petualang yang dia temui. Dan dengan bantuan dari mereka, dia berhasil menyegel dewi Freyja di dunia lain yang disebut Vanaheim
Setelah Hari Kegelapan berakhir, orang-orang memulai kehidupan baru dibawah kerajaan “Rune Midgard” yang baru. Dengan kepemimpinan Raja Pior berarti merupakan runtuhnya monarki Geoborg di Midgard. Tristan Geoborg yang merupakan Raja sebelumnya menghilang selama Hari Kegelapan Pemerintahan Raja Pior tidak bertahan lama karena ditentang oleh orang-orang yang menentang sistem ekonomi yang dia terapkan. Selain itu, Raja Pior juga menghapuskan sistem pemerintahan monarki dan kemudian mendirikan Republik Midgard yang berada dibawah pemerintahan Presiden Witold Schurt.
Perang akhirnya pecah kembali di Republik Midgard. Kali ini Midgard harus menghadapi serangan dari Benua Svartalf. Svartalf merupakan benua yang baru ditemukan dari Ymir. Pada akhirnya Republik Midgard harus kehilangan kebebasan dan menjadi jajahan dari benua Svartalf. 20 tahun kemudian, muncul sebuah gerakan pemberontakan di benua Midgard yang dipimpin oleh Ignatz Geoborg yang dikenal sebagai keturunan dari keluarga raja Tristan. Dia kemudian menyatakan kekuasaannya dan berhasil mengumpulkan dukungan dari orang-orang terkenal di benua Midgard. Dia kembali membangun kerajaan Rune Midgard yang baru dan membawanya menuju puncak kejayaan. Pada akhirnya kedamaian dapat dinikmati di seluruh Midgard dan kisah Freyja akhirnya juga sudah menjadi legenda.
Kemudian mereka menyeberangi tempat dimana saudara dari Saryong Jormungand yaitu Heilong Ashkaron yang tinggal disana. Siegfried menggunakan Holy Balmung yang diturunkan dari generasi ke generasi untuk mengalahkan Ashkaron dan kemudian membangun kembali kerajaan Ashkaron. Akan tetapi Ashkaron memberikan kutukan kekeringan pada seluruh benua sebelum dia meninggal. Hanya para peneliti Lord Siegfried dan pengikutnya yang tetap bertahan hidup.
Minat dan ketertarikan mereka terhadap ilmu pengetahuan membawa perkembangan pesat pada peradaban dan kerajaan Ashkaron akhirnya kembali berjaya dan menjadi salah satu kerajaan terkuat diantara semua benua.
Hingga suatu hari, muncul sebuah Celah Dimensi di daerah pinggiran. Celah tersebut bertambah semakin besar hingga menyamai ukuran istana di kerajaan. Jumlah iblis yang keluar dari celah tersebut sudah tidak terhitung dan akhirnya terjadilah perang sengit di kerajaan Ashkaron.
"Valkyrie Reginleif yang merupakan Valkyrie terkuat diantara 12 Valkyrie. Dia ikut tersegel di dalam Vanaheim bersama dengan Freyja, tapi kemunculannya menyebabkan runtuhnya kerajaan Ashkaron. Para iblis juga ikut membuat kekacauan di benua Ashkaron, tetapi masih ada beberapa yang bertahan hidup.
Runtuhnya kerajaan Askaron menyebabkan kekacauan besar disekitar kerajaan Rune Midgard. Setelah bersusah payah, akhirnya para magician dari kerajaan berhasil menyegelnya. Kerajaan akhirnya memutuskan untuk membentuk tim penyedilik khusus untuk menyelidiki masalah tersebut lebih lanjut.
Pada suatu hari ditengah hujan deras, Priest Edwin yang mendirikan Prontera Cathedral tiba disebuah gua untuk berteduh. Di dalam gua, dia menemukan seorang perempuan disana. Perempuan itu sudah meninggal karena kedinginan tapi Edwin menemukan bahwa bayi yang dipeluk oleh perempuan itu masih bernafas. Edwin sangat bersyukur atas berkah dari para dewa dan akhirnya merawat bayi tersebut dan membesarkan seperti anak sendiri. Bayi itu diberi nama Aione.
High Knight Zeras Hypherion dari kerajaan Prontera memimpin pasukannya untuk menyerang markas Freyjanity untuk menyelamatkan anak-anak yang diculik. Markas Freyjanity memiliki sebuah laboratorium yang penuh dengan alat-alat percobaan yang tidak diketahui untuk digunakan pada anak-anak. Anak-anak yang diculik akhirnya bisa pulang kembali setelah diselamatkan oleh Zeras Hyperion. High Knight Zeras Hyperion yang memimpin penyerangan laboratorium tersebut akhirnya berhasil menjadi High Knight Zeras Hypherion
Raja Reinhard kemudian pergi menuju Gunung Mjollnir bersama dengan para Royal Knight untuk mengawasi pergerakan para iblis yang berada disana. Tapi tiba-tiba dia menghilang. Raja Reinhard membawa pedang suci Jormungand yang diturunkan dari generasi ke generasi dalam keluarga Geoborg.
Raja yang menghilang bersamaan dengan pusaka keluarga Raja menyebabkan kekacauan pada seluruh kerajaan. Ratu Kamil yang memiliki hak untuk menjadi pemimpin yang berikutnya, mencoba untuk menenangkan para penduduk dengan menyerahkan tahtanya pada saudara dari Raja Reinhard yaitu Eckhard Geoborg untuk menjadi Raja yang baru.
Eckhard Geoborg berhasil memerintah dengan baik dan membuat situasi kerajaan menjadi tenang berkat pengaruh politik dan dukungan dari Ratu Kamil untuknya. Tidak lama setelah Eckhard Geoborg menduduki tahta tersebut, Sir Kurk Graham yang merupakan pemimpin dari Royal Guard yang setia pada Raja Reinhard melakukan bunuh diri.
Kemudian, tersebar kabar bahwa Kurk Graham merupakan pelaku dibalik menghilangnya Raja dan dia sendiri yang membunuh Raja. Kelompok religius baru yang bernama Freyjanity berasal dari keturunan Arunafeltz yang tersisa, yang memuja dewi Freyja dan sedang menunggu kebangkitannya kembali.
Walau tidak sebesar yang sebelumnya, tapi kerajaan tidak mempunyai pilihan selain mengeluarkan pengumuman ke seluruh Midgard untuk mengatasi kemunculan makhluk-makhluk aneh tersebut. Para petualang dari seluruh benua mulai berkumpul di Prontera, mengembangkan skill dan membangun motivasi untuk melindungi Midgard dari ancaman baru ini.
